국내에서 바이오에탄올(Bio-Ethanol)이 환영받지 못하고 있다.
바이오에탄올은 바이오디젤(Bio-Diesel)과 함께 친환경 수송용 연료로 각광받고 있으나 기술력과 원료 조달 등의 문제로 상용화되지 않고 있으며 경제적 효율성과 친환경성에 대한 의문이 제기되고 있다.
특히, 중간사업자, 소비자들의 요구에 따라 경제적 측면을 고려하기보다 사회·정치적 측면에서 강제적인 제도 도입을 통해 상업화를 유도하고 있어 비난의 목소리가 높아지고 있다.
정유기업들은 바이오에탄올보다 휘발유와 혼합하기 쉬운 바이오부탄올(Bio-Butanol)의 상용화 연구에 집중하고 있으나 수율이 3% 수준에 불과하고 폴리머, 금속 등을 부식시킬 우려가 있어 상용화까지 상당시간 및 비용이 소요될 것으로 예상되고 있다.
이에 따라 정유기업과 친환경 연료 연구기관들은 바이오에탄올을 사용하는 바이오 ETBE(Ethyl Tert-Butyl Ether)를 MTBE(Methyl tert-Butyl Ether)의 대체재로 허용해줄 것을 정부에 건의하고 있으나 받아들여지지 않고 있다.
또 정부는 RFS(Renewable Fuel Standards)에 대해 보급비율 수치에만 집중하고 있어 신재생에너지를 효과적으로 보급하기 위해서는 관련단체들의 원활한 소통과 교류가 필수적인 것으로 지적되고 있다.